南禅寺 (なんぜんじ)は、京都市左京区南禅寺福地町にある、臨済宗南禅寺派大本山の寺院である。山号は瑞龍山、寺号は詳しくは太平興国南禅禅寺（たいへいこうこくなんぜんぜんじ）である。本尊は釈迦如来、開基（創立者）は亀山法皇、開山（初代住職）は無関普門（大明国師）。日本最初の勅願禅寺であり、京都五山および鎌倉五山の上におかれる別格扱いの寺院で、日本の全ての禅寺のなかで最も高い格式をもつ。
南禅寺の建立以前、この地には、後嵯峨天皇が文永元年（1264年）に造営した離宮の禅林寺殿（ぜんりんじどの）があった。「禅林寺殿」の名は、南禅寺の北に現存する浄土宗西山禅林寺派総本山の禅林寺（永観堂）[1]に由来する。この離宮は「上の御所」と「下の御所」に分かれ、うち「上の御所」に建設された持仏堂を「南禅院」と称した。現存する南禅寺の別院・南禅院はその後身である。
亀山上皇は正応2年（1289年）、40歳の時に落飾（出家）して法皇となった。2年後の正応4年（1291年）、法皇は禅林寺殿を寺にあらため、当時80歳の無関普門を開山として、これを龍安山禅林禅寺と名づけた。伝承によれば、この頃禅林寺殿に夜な夜な妖怪変化が出没して亀山法皇やお付きの官人たちを悩ませたが、無関普門が弟子を引き連れて禅林寺殿に入り、静かに座禅をしただけで妖怪変化は退散したので、亀山法皇は無関を開山に請じたという。
建武元年（1334年）、後醍醐天皇は南禅寺を五山の第一としたが、至徳3年（1385年）に足利義満は自らの建立した相国寺を五山の第一とするために南禅寺を「別格」として五山のさらに上に位置づけ、京都五山と鎌倉五山に分割した。
室町時代には旧仏教勢力の延暦寺や三井寺と対立して政治問題に発展、管領の細川頼之が調停に乗り出している。
明治維新後に建設された、当寺の境内を通る琵琶湖疏水水路閣はテレビドラマの撮影に使われるなど、今や京都の風景として定着している。なお南禅寺境内は平成17年（2005年）に国の史跡に指定されている。
三門
歌舞伎の『楼門五三桐』（さんもんごさんのきり）の二幕目返しで石川五右衛門が「絶景かな絶景かな……」という名科白を廻す「南禅寺山門」がこれである。ただし実際の三門は五右衛門の死後30年以上経った寛永5年（1628年）の建築。
方丈
国宝。大方丈と小方丈からなる。大方丈は慶長度の御所建て替えに際し、天正年間建設の旧御所の建物を下賜されたもの。「旧御所清涼殿を移築した」とする資料が多いが、清涼殿ではなく女院御所の対面御殿を移築したものである。接続して建つ小方丈は寛永年間の建築とされる。
国宝
・方丈
・亀山天皇宸翰禅林寺御祈願文案（かめやまてんのうしんかん ぜんりんじごきがんもんあん）
重要文化財
・三門
・勅使門
・絹本著色釈迦十六善神像
・絹本著色大明国師像
・絹本著色大明国師像 平田和尚の賛あり
・南院国師像 2幅（絹本著色 一、紙本著色 一）
他 多数
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